Er reiste weiter und kam bis in die Schweiz. Seine Reisenotizen gestalteten sich zu seinem auch noch in unseren Tagen weltberühmten sentimentalen Roman "Das Labyrinth oder Reise durch Deutschland, die Schweiz und Frankreich" (1792 erstmals herausgekommen).
In der Schweiz unternahm Baggesen unter anderem Bergwanderungen. Er heiratete eine Enkelin des berühmten Alpendichters Albrecht von Haller; einer der Söhne des Paares, Reinhold Baggesen, wurde Münsterpfarrer in Bern. Die frisch Vermählten wollten sich in Kopenhagen niederlassen, konnten dort jedoch nicht heimisch werden, weshalb sie sich immer wieder zurück in die Schweiz aufmachten. Auf einer dieser Reisen starb die Gemahlin 1797 in Kiel, lungenkrank. Baggesen verheiratete sich wenig später mit der Tochter eines französichsprachigen Diplomaten, wodurch sein Wohnsitz St.-Germain-en-Laye, Frankreich, wurde, wo er übrigens die längste Zeit seines Lebens zugebracht hat.
Jens Baggesens Gesamtwerk ist sowohl für die dänische als auch für die deutsche Literatur von Bedeutung. Baggesen ist jedoch, kann man sagen, in herausragender Weise deutscher Autor geworden, indem er sich mit den literarischen Strömungen in den deutschen Landen direkt konfrontiert sah, worauf er unter anderem mit gezielten Parodien reagierte, die ihrerseits sich als eigene Kunstwerke auszeichneten. Zuvorderst zu nennen wäre da das 1809 bei Cotta in Tübingen erschienene Bändchen mit dem Titel "Der Karfunkel oder Klingelklingel-Almanach. Ein Taschenbuch für vollendete Romantiker oder angehende Mystiker", das sich als ein Ratgeber präsentiert fürs Fabrizieren von Sonetten im Schnellverfahren zu vorgegebenen Reimen innerhalb einer vorgegebenen Zeit. Dem schliesst sich Baggesens Grossdrama "Der vollendete Faust" an, dessen Titel auf das in jenen Tagen aktuelle Faustfragment Goethes anspielt und in dem gezielt einiges der damals in die Mode gekommenen romantischen Bewegung unter die Lupe genommen wird, das für eine, kann man sagen, als geboten zu betrachtende, doch in der Wirklichkeit leider vermisste politische Verantwortlichkeit herzuhalten hatte.
Jens Baggesens dänische und deutsche dichterische Werke ergeben ein breites Spektrum. Aus Baggesens Feder besitzen wir aber auch eine enorme Menge philosophischer Betrachtungen und Bemerkungen. Auch was die aktuelle politische Revolution in Frankreich angeht sowie die, man möchte sagen, entsprechenden Verhältnisse in Deutschland. Dargestellt wird da immer wieder, wie während der 30-jährigen Revolutionszeit, auf die zurückgeblickt wird, in Frankreich real geköpft wurde, wohingegen das selbe in Deutschland sich idealistisch vollzog. Deutschlands Überdichter Goethe wird als »der poetische Talleyrand« bezeichnet; Talleyrand war der Wendehals jener Zeit, der als Politiker einen wichtigen Platz in grundverschiedenen französischen Regierungen einnahm, die er am Ende alle überlebt hat.
Jens Baggesen ist immer auch ein Däne geblieben, auch wo er sich hie und da ganz oder teilweise als Deutscher oder als Franzose verstand, sich direkt entsprechend bezeichnete. Er war ein Däne, dem es gegeben erschien, sich in die verschiedensten national geprägten Denkweisen zu versetzen. Es hätte ihm ein gewaltiges Manko bedeutet, sollte es nur eíne einzige Sprache auf unserer Erde geben, womit sich nebenbei bemerkt seine Anschauung mit der Grundtvigs, des Begründers der dänischen Volkshochschulen trifft, und was in unseren Tagen auch ein wenig über unsere ganz aktuelle EU nachdenken lässt.
Weit seiner Zeit voraus war Baggesen auch da, wo er unsere Weltgeschichte als einen Kosmos gelangweilter Insekten versteht:
»Die Geschichte unsrer Erde,
Falls man's so benennen will,
Das Tagebuch der allerhand Narrenteien
Von Ameisen, Fliegen oder Bienen,
Die ohne Fügel und mit Flügeln dran
Ganz irre kreisend sich tummeln
Umher und herum
Mit ihrem ewigen Gesumm,
Sich selbst zum Narren halten,
Stossen, beissen, schlagen,
Verstümmeln, gegenseitig sich den Hals umdrehen, zerfleischen,
Der liebe Gott mag's verstehn, wie sollte ich's?
[...]
Wenn man will, kann man
Die Geschichte unsrer Erde
Mit Recht das Trauerspiel nennen
Des grossen Dichters der Natur,
Doch dieser Titel taugt für das Ganze nur,
Passt da gut -
Wo hingegen jede einzelne Szene zählt,
Finde ich mit gleichem Recht,
Trotz des Teufels und seiner Mutter und der Totengöttin Hel,
Die hässlich bei uns die tragische Muse Melpomene zu spielen hat,
Das Ernsthafteste nicht alleine zum Lachen,
Sondern ganz und gar zum sich Totlachen.«
(Ins Deutsche übertragenes Zitat aus Baggesens dänischem Vorwort zu seinem deutschen Versepos Adam und Eva oder die Geschichte des Sündenfalls. Ein humoristisches Epos in zwölf Büchern, das Jens Baggesens Schwanengesang geworden ist).
